Muller was van 2006 tot en met 2020 voorzitter van de Raad van Bestuur bij Arkin. Onder het motto 'samen sterk in de stad' groeide Arkin, een fusie van zorgaanbieders Jellinek, Mentrum en AMC de Meren, onder zijn leiding uit tot de grootste aanbieder van geestelijke gezondheidszorg in de stad. Dit deed Muller door de menselijke maat en de belangen van de meest zieke en kwetsbare Amsterdammers voorop te stellen.
Muller voelde zich verantwoordelijk voor het introduceren van werkbare oplossingen, onder meer door psychologische en maatschappelijke zorg beter te integreren. Bijvoorbeeld in de verslavingshulpverlening, de dak- en thuislozen problematiek, de Amsterdamse crisisketen en de wijze waarop verwarde mensen in de stad opgevangen worden. Daardoor konden meer mensen beter worden geholpen. Ook zette Muller zich als bestuurslid van GGZ Nederland in om de GGZ betaalbaar te houden.
Vanwege de vele inspanningen gedurende ruim veertien jaar voor de geestelijke gezondheidszorg op stedelijk en landelijk niveau ontvangt Jeroen Muller de Andreaspenning.
Andreaspenning
De Andreaspenning wordt toegekend aan personen die grote prestaties hebben verricht op sociaal, cultureel, maatschappelijk of economisch gebied voor Amsterdam met een landelijke uitstraling, en aan personen die zich minimaal tien jaar als vrijwilliger voor een maatschappelijk doel hebben ingezet.